通過物理和化學的綜合作用使廢水得到凈化，主要有混凝法、吸附法、氣浮法、電解法和膜分離法等。混凝法通過投加化學藥劑，使其產(chǎn)生吸附、中和微粒間電荷、壓縮擴散雙電層而產(chǎn)生的凝聚作用。破壞了廢水中膠體的穩(wěn)定性，使膠體微粒相互聚合、集結，在重力作用下沉淀.并予以分離除去。制藥廢水處理中常用的混凝劑有聚合硫酸鐵、聚合氯化鋁、聚丙烯酰胺等，該法會產(chǎn)生大量的化學污泥，造成二次污染，出水的pH較低，含鹽量高，且氨氮的去除率較低，因此常作為制藥廢水的預處理。

氣浮法利用高度分散的微小氣泡作為載體，黏附廢水中的污染物，由于黏附有污染物的微小氣泡密度小于水而上浮到水面，從而實現(xiàn)處理廢水的目的。該法具有少、能耗低、工藝簡單、維修方便等優(yōu)點，但不能有效地去除可溶性有機物。常用來處理、、等懸浮物含量較高的制藥廢水。

電解法借助外加電流的作用，產(chǎn)生一系列化學反應，使廢水中的有害雜質以轉化的形式而被去除。它是通過兩極產(chǎn)生的新生態(tài)的氧和新生態(tài)的氫使廢水中污染物得到凈化。新生態(tài)的氧對水中有枷化合物和無機化合物進行氧化，新生態(tài)的氫將處=互化態(tài)的某些色素還原成無色物質.達到較高的月生效果。

廢水電解處理包括電極表面電化學作角、間接氧化、間接還原、電浮選和電絮凝等過程。它們分別以不同的作用去除廢水中的污染物。膜分離法是個物理過程，有過濾和濃縮的作用，能處理高濃度、生化性差或傳統(tǒng)方法難以處理的制藥廢水，且COD的高低對處理效果影響不大。膜分離法具有設備簡單、操作方便、無相變及化學變化、處理效率高和節(jié)約能源等優(yōu)點，但還存在膜組件價格高與膜污染等問題。